4步找到Crispr/Cas系統(tǒng)gRNA與脫靶位點[Geneious]
軟件參考操作4大步驟教程
- 使用Geneious快速定位基因魔剪CRISPR/cas的gRNA位點與脫靶結(jié)合位點[1]
- 使用Geneious快速定位基因魔剪CRISPR/cas的gRNA位點與脫靶結(jié)合位點[2]
- 使用Geneious快速定位基因魔剪CRISPR/cas的gRNA位點與脫靶結(jié)合位點[3]
- 使用Geneious快速定位基因魔剪CRISPR/cas的gRNA位點與脫靶結(jié)合位點[4]
- 使用Geneious快速定位基因魔剪CRISPR/cas的gRNA位點與脫靶結(jié)合位點[5]
了解如何在序列中查找和注釋CRISPR位點，并檢查基因組中的脫靶結(jié)合位點。在Geneious R9及以上版本中使用改進的CRISPR位點查找工具。
本工具geneious軟件優(yōu)于市面上絕大多數(shù)軟件,高度智能化，且對用戶友好，
Tool Name | Provider | Searches whole genome for targets搜索全基因組目標(biāo) | Returns all targets of genome返回基因組的所有目標(biāo) | Seed span and location can be defined種子跨度和位置自定義 | Maximum number of mismatches supported支持最大的錯配數(shù)量 | Predicts gRNA activity預(yù)測gRNA活性 | Available?Protospacer adjacent motif (PAM)?sequences可用的 Protospacer相鄰基序（PAM） 序列 | Annotation is reported生成報告和注釋 | gRNA suggestion or scoring最優(yōu)gRNA建議和評分 | External Link產(chǎn)品鏈接 | |
Geneious CRISPR Site Finder | Geneious（沫之東生物） | Yes | Yes | Yes | 任意數(shù)字 | Yes | 用戶自定義 | Yes | Yes | www.geneious.cn |
Refer參考文獻：https://doi.org/10.1038%2Fnbt.3026
本工具geneious軟件是基于張峰實驗室的評分算法，但是更加智能化，并保持一致，如下，
關(guān)于CRISPR.MIT.EDU
CRISPR設(shè)計工具的用途
CRISPR設(shè)計工具是一種網(wǎng)絡(luò)工具，旨在通過以下方式簡化CRISPR指南在輸入DNA序列中的選擇過程：（i）發(fā)現(xiàn)全基因組可能的非靶標(biāo)，（ii）突出顯示具有高靶特異性的指南，以及（iii）目標(biāo)基因組中的許多或基因外源目標(biāo)。
使用CRISPR設(shè)計
要使用CRISPR設(shè)計位點工具，只需：
- 前往crispr.mit.edu的提交頁面
- 進入DNA序列
- 選擇一個目標(biāo)基因組，
將掃描序列以尋找可能的CRISPR指南（20個核苷酸，然后是PAM序列：NGG），并在整個選擇的基因組中掃描可能的目標(biāo)匹配。作業(yè)輸出將顯示在作業(yè)輸出頁面上，每個指南鏈接到一個非目標(biāo)列表，并按照從零到100％的分?jǐn)?shù)順序呈現(xiàn)，粗略地表示每個指南的忠實的目標(biāo)活動。
解釋分?jǐn)?shù)
CRISPR設(shè)計工具輸出頁面：
呈現(xiàn)查詢序列中所有可能的指南的排名列表，按照100％減去目標(biāo)基因組中的目標(biāo)活動的信仰度排序，減去目標(biāo)基因組中的目標(biāo)命中分?jǐn)?shù)的加權(quán)和。
顯示每個指南的頂級匹配的目標(biāo)命中分?jǐn)?shù)，并且通過考慮錯配總數(shù)，絕對位置不匹配來計算 - 以適應(yīng)接近PAM站點的相對較高的不匹配干擾，以及不匹配之間的平均配對距離 - 解釋中斷鄰近錯配對破壞指導(dǎo)-DNA相互作用的空間影響。
單擊的分?jǐn)?shù)
用于評分單個目標(biāo)的實際算法是：
在第一學(xué)期內(nèi)，e運行在導(dǎo)向和非目標(biāo)之間的不匹配位置，M：
代表實驗確定的不匹配位置對靶向的影響。（Hsu等，Nature Biotechnology 2013）
而且，術(shù)語二和三分別表示錯配（d）的平均配對距離和高度不匹配目標(biāo)的阻尼懲罰的影響。
指南匯總分?jǐn)?shù)
一旦個人點擊得分，每個指南都會得到一個分?jǐn)?shù)：
并且根據(jù)指導(dǎo)質(zhì)量的廣泛分類進行著色，考慮到高分離目標(biāo)中存在或不存在標(biāo)記基因，表明在查詢區(qū)域中使用特定指導(dǎo)用于特定目標(biāo)的相對（不）有利度。
指南選擇
聚合得分大于50％的指南是綠色的，并且如果沒有得分偏高的目標(biāo)落在標(biāo)記的基因區(qū)域中（如右表所示），則應(yīng)該被視為候選靶向序列。如果沒有合適的綠色指南清除高分，極端目標(biāo)，那么指定黃色的指南應(yīng)視為具體目標(biāo)的備份。紅色指南在目標(biāo)基因組中有很多可能的目標(biāo)相互作用，應(yīng)該避免。