使用Geneious快速定位基因魔剪CRISPR/cas的gRNA位點與脫靶結(jié)合位點[1]
基于機器學(xué)習(xí)，僅供參考。
介紹
CRISPR / Cas9系統(tǒng)是用于基因編輯的RNA引導(dǎo)核酸內(nèi)切酶技術(shù)。該系統(tǒng)需要包含與PAM（Protospacer Adjacent Motif）位點相鄰的20bp靶序列的指導(dǎo)RNA（gRNA），以將Cas9核酸內(nèi)切酶引導(dǎo)至切割位點。Geneious中的Find CRISPR位點工具將搜索所選基因中的gRNA（“CRISPR”）位點，并在您感興趣的基因組中搜索脫靶結(jié)合位點。選定序列中的每個CRISPR位點根據(jù)它可能會綁定到多少個脫離目標位點以及脫離目標位點與原始序列的相似程度進行評分。
在本教程中，您將使用來自釀酒酵母?S288c?的LYP1 CDS?和使用S288c基因組作為脫靶數(shù)據(jù)庫。LYP1或賴氨酸通透酶在酵母基因組的14號染色體上發(fā)現(xiàn)。它是負責(zé)攝取陽離子氨基酸的三種氨基酸通透酶之一（Alp1p，Can1p，Lyp1p）。有關(guān)此基因的更多信息，請點擊https://www.yeastgenome.org/。
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