Geneious,
唯一的用戶友好的系統(tǒng)發(fā)育分析軟件
對齊序列,使用您選擇的算法構(gòu)建和查看系統(tǒng)發(fā)生樹,并編輯圖像進行發(fā)布 - 全部在一個程序中。
內(nèi)置可能性,距離和貝葉斯樹的構(gòu)建方法
交互式距離矩陣查看器可以讓您快速計算有意義的統(tǒng)計數(shù)據(jù)以進行系統(tǒng)發(fā)育分析
發(fā)育樹建設(shè)和查看沒有雜文件
只需在Geneious中選擇任何對齊方式,然后選擇算法即可通過簡單的單擊方法生成您的發(fā)育樹
您選擇的樹木算法
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鄰居加入 - 使用快速簡單的鄰居加入方法在幾秒鐘內(nèi)為大量分類群建立自己的引導(dǎo)樹
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UPGMA - 用于系統(tǒng)發(fā)育重建的簡單快速分層聚類方法
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MrBayes - 對于貝葉斯系統(tǒng)發(fā)育的估計,Geneious合并了可以在本地機器上運行的MrBayes插件。
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PAUP * - 通過我們精簡的GUI界面從Geneious內(nèi)部啟動PAUP *插件,以執(zhí)行Maximum Parsimony,Maximum LIkelihood。
您必須擁有或購買PAUP *的副本才能使用此插件
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PhyML - 利用PhyML插件最大限度地實現(xiàn)最大可能性
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用于快速似然推斷的GARLI-遺傳算法
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RAxML-隨機化軸向最大似然
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FastTree - 核苷酸或蛋白質(zhì)序列比對的近似最大似然系統(tǒng)發(fā)育樹
導(dǎo)出您的系統(tǒng)發(fā)育圖稿并發(fā)布
操作顯示設(shè)置來自定義分支標簽,節(jié)點標簽,結(jié)束標簽,樹形狀,樹形比例或顏色分支,讓您的樹看起來完全符合您的需要。 一旦你的樹建成保存為高品質(zhì)的矢量格式,如svg,pdf或eps用于發(fā)布或打印它,以便您可以將其粘貼在墻上。
系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建教程
教程
下載免費試用版和我們的其中一個教程,以交互方式掌握Geneious的功能。
教程 - 系統(tǒng)發(fā)育樹:HIV案例研究的起源
使用Geneious使用分子系統(tǒng)發(fā)育工具來研究人類免疫缺陷病毒(HIV)的進化起源。
使用BLAST和多重比對標注植物DNA序列,然后學(xué)習(xí)如何閱讀系統(tǒng)發(fā)育樹以探索遺傳距離。
應(yīng)用筆記
關(guān)于如何使用來自埃博拉病毒分離株的下一代測序數(shù)據(jù)在Geneious中生成SNPtree的概述。
探索Geneious中的一條管道,該管道允許從疑似感染患者身上進行的高通量宏基因組數(shù)據(jù)中準確識別和分析低濃度ZIKV。