中/英文教程
下載免費試用版和我們的其中一個教程,以交互方式掌握Geneious的功能。
學習從RNA-Seq數據計算標準化表達度量。 測量來自兩個不同樣品條件的數據集上的RPKM,FPKM和TPM,然后計算兩個樣品之間的差異表達。
了解如何在Geneious中使用DESeq2,以比較兩種樣品條件下的重復表達水平。
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注釋基因組和組件的美麗可視化,強大的變體調用和RNA-Seq表達分析。
只需點擊一下geneious,就可以獲得所需的可視化數據。 注釋基因組,循環基因組,映射讀取,重疊群都顯示在我們高度可定制的序列視圖中。 選擇要顯示的其他注釋的著色方案,圖形和軌跡,然后使用動態注釋搜索和位置跳轉來查找您要查找的內容。
通過多功能的Geneious算法或眾所周知的FreeBayes查找SNP /變體。 如果您有來自外部管道或供應商的變體調用,只需拖入VCF即可。 通過與已知變體進行編程比較來識別新的變體,或者使用我們的動態表格視圖進行排序和過濾,然后通過切換到同步序列視圖來查看基因組上下文。
計算來自映射讀取的表達水平,然后進行樣品之間的配對比較以鑒定差異表達的基因。 如果沒有統計編程語言方面的專業知識,R使用行業標準DESeq2軟件包比較兩個條件之間的表達式,每個條件都有重復樣本。
切換到PCA Plot選項卡,使用主成分分析檢查數據的質量,然后切換到交互式火山圖以發現感興趣的基因。 在火山圖中選擇一個基因后,您可以在序列視圖中直接跳到該圖,其中所有基因都根據差異表達進行熱圖著色。
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學習從RNA-Seq數據計算標準化表達度量。 測量來自兩個不同樣品條件的數據集上的RPKM,FPKM和TPM,然后計算兩個樣品之間的差異表達。
了解如何在Geneious中使用DESeq2,以比較兩種樣品條件下的重復表達水平。