Geneious中如何構(gòu)建、操作系統(tǒng)發(fā)育樹的步驟教程

以下內(nèi)容基于智能翻譯，僅供參考。

系統(tǒng)發(fā)育樹被用來(lái)推斷序列之間的進(jìn)化關(guān)系。Geneious可以使用距離，最大似然或貝葉斯方法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹。本指南介紹了在Geneious中構(gòu)建樹并操作樹查看器的基本步驟。 ?

在開始建造樹木之前，您應(yīng)該熟悉樹木的構(gòu)建原理以及每種方法的優(yōu)缺點(diǎn)。下面的評(píng)論是一個(gè)很好的開始。

Molecular phylogenetics：principles and practice，Nature Reviews Genetics?13,303-314（2012）。DOI：10.1038 / nrg3186

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1.對(duì)齊你的序列

在構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹之前，您需要對(duì)齊序列。要做到這一點(diǎn)，選擇所有的序列，然后選擇對(duì)齊/組裝 - >多重對(duì)齊。??該鏈接提供了可用算法的指南。 ?

一旦您對(duì)齊后，選擇它并單擊樹打開樹建設(shè)選項(xiàng)。?

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2.選擇你的樹木建造者和參數(shù)

在樹木建筑選項(xiàng)的頂部，您會(huì)看到可用的樹木構(gòu)建算法。這包括內(nèi)置的Geneious Tree Builder（和共識(shí)樹構(gòu)建器）以及您已安裝的任何插件。 ?

Geneious Tree Builder使用Neighbor-Joining或UPGMA方法生成距離樹。此外，下列插件可用于生成最大似然，簡(jiǎn)約或貝葉斯樹：

PHYML?- 最大可能性

RAxML?- 針對(duì)大數(shù)據(jù)集進(jìn)行優(yōu)化的最大可能性

Garli?- 最大可能性

FastTree?- 極大數(shù)據(jù)集的近似最大似然

PAUP *?-簡(jiǎn)約或最大似然（需要自己PAUP *的副本，無(wú)論是4.0b10版本，或4.0a149及以上來(lái)自這里）

MrBayes?- 貝葉斯分析

有關(guān)最大似然樹型構(gòu)建器的更多信息，請(qǐng)參閱此鏈接。

每個(gè)樹生成器都有一個(gè)用于指定進(jìn)化模型和其他參數(shù)的不同接口。我們建議您查閱每個(gè)樹木生成器的用戶手冊(cè)，以熟悉可用的選項(xiàng)。您也可能希望在Geneious之外使用像Modeltest這樣的程序，以在構(gòu)建樹之前為您的數(shù)據(jù)確定最佳模型。

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3.運(yùn)行你的樹

點(diǎn)擊OK開始你的樹建設(shè)。構(gòu)建樹所花費(fèi)的時(shí)間取決于您選擇的算法，對(duì)齊的大小以及您選擇的參數(shù)（例如引導(dǎo)程序復(fù)制的數(shù)量）。距離樹通常很快完成（幾分鐘內(nèi)），但最大似然和貝葉斯樹可能需要幾小時(shí)甚至幾天才能運(yùn)行。

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4.查看你的樹

當(dāng)樹完成運(yùn)行后，將會(huì)創(chuàng)建一個(gè)新的樹文件并在查看器中自動(dòng)打開。默認(rèn)情況下，Geneious以矩形（根目錄）布局顯示樹，即使該樹沒(méi)有根。圓形或放射形格式的選項(xiàng)可以在“?常規(guī)”?選項(xiàng)卡下找到，以及“縮放”控件。 ?

如果您希望樹根，請(qǐng)點(diǎn)擊您希望指定為外群的分類群節(jié)點(diǎn)，然后單擊Root。 ?要在不更改拓?fù)涞那闆r下垂直翻轉(zhuǎn)分類群的位置，請(qǐng)使用“?交換兄弟”?選項(xiàng)。

查看器頂部的控件還包含用于在樹上著色和設(shè)置字體大小的選項(xiàng)。要為整個(gè)分支著色，請(qǐng)選擇分支基部的節(jié)點(diǎn)并選擇顏色節(jié)點(diǎn)。

在樹形視圖右側(cè)的控件中，您可以選擇在樹的頂端顯示哪個(gè)字段（例如名稱，描述，生物體，加入等），并啟用支持值和分支長(zhǎng)度的顯示。 ??

要查看樹的底層對(duì)齊，請(qǐng)單擊查看器上方的“對(duì)齊視圖”按鈕。在樹視圖中進(jìn)行的更改也會(huì)反映在對(duì)齊視圖中。例如，如果您在樹視圖中著色節(jié)點(diǎn)，這些也將在“對(duì)齊視圖”中著色。“對(duì)齊視圖”中序列旁邊的藍(lán)色箭頭表示這些序列鏈接到原始源序列。這意味著對(duì)源序列所做的任何更改（例如編輯名稱）都會(huì)傳播到對(duì)齊和樹中，并且樹上所做的任何更改都會(huì)傳播回源。?